Το Π.Μ.Σ. παρέχει στους σπουδαστές και τις σπουδάστριες την υποτροφία του Ιδρύματος «Zanet Zakos», καθώς και τη δυνατότητα επιδοτούμενης συμμετοχής το διεθνές Θερινό Σχολείο Αρχαιολογίας ArcΗLABS στη Σικελία. Οι σπουδαστές και οι σπουδάστριες του Π.Μ.Σ. μπορούν επίσης να διεκδικήσουν υποτροφίες και έπαθλα που παρέχουν το Ε.Κ.Π.Α., το Ίδρυμα Κρατικών Υποτροφιών και ιδιωτικοί φορείς.