Το Π.Μ.Σ. «Βυζαντινός Κόσμος: Ιστορία και Αρχαιολογία» υπόκειται σε περιοδική αξιολόγηση από την Εθνική Αρχή Ανώτατης Εκπαίδευσης (ΕΘ.Α.Α.Ε.) και από τη Μονάδα Διασφάλισης Ποιότητας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (ΜΟ.ΔΙ.Π. Ε.Κ.Π.Α.). Η πρώτη αξιολόγηση της ΜΟ.ΔΙ.Π πραγματοποιήθηκε το 2022.
Το Π.Μ.Σ. ακολουθεί την πολιτική διασφάλισης ποιότητας του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας, που εναρμονίζεται πλήρως με την πολιτική ποιότητας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών,