Από το σύνολο των σεμιναριακών μαθημάτων τα τέσσερα (4) πρέπει να προέρχονται από τον κατάλογο των μαθημάτων της ειδίκευσης, στην οποία έχει εγγραφεί ο φοιτητής/ήτρια,ή από μαθήματα της ίδιας ειδίκευσης σε ομοταγές αναγνωρισμένο ίδρυμα της αλλοδαπής στο πλαίσιο των εκπαιδευτικών προγραμμάτων της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Τα υπόλοιπα δύο (2) σεμινάρια μπορούν να επιλέγονται από την άλλη ειδίκευση του Π.Μ.Σ., τα άλλα Π.Μ.Σ. του Τμήματος ή άλλου πανεπιστημιακού Τμήματος ή αναγνωρισμένου Ερευνητικού Κέντρου.
Στο γνωστικό αντικείμενο της Βυζαντινής Αρχαιολογίας υπάρχει η δυνατότητα, αντί ενός σεμιναρίου, πραγματοποίησης πρακτικής άσκησης στο πεδίο, σε μουσείο ή σε Ερευνητικό Κέντρο, προς απόκτηση της απαιτούμενης πρακτικής εμπειρίας, υπό την επίβλεψη/συνεργασία του επιβλέποντος μέλους Δ.Ε.Π.. Η άσκηση αυτή μπορεί να πραγματοποιείται σε πανεπιστημιακή ανασκαφή, σε συνεννόηση με το επικεφαλής μέλος Δ.Ε.Π., ή σε φορείς της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας ή σε εποπτευόμενους από αυτήν φορείς.
Στις δύο ειδικεύσεις του Προγράμματος, υπάρχει η δυνατότητα ένα από τα σεμινάρια να έχει τη μορφή «ελεύθερης σεμιναριακής εργασίας» με αντικείμενο εξειδικευμένο θέμα το οποίο δεν προσφέρεται στο πρόγραμμα των σεμιναρίων του Τμήματος, αλλά αφορά τα ειδικά ερευνητικά ενδιαφέροντα του/της φοιτητή/ήτριας και κρίνεται απαραίτητο για την κατάρτισή του/της.
Η οργάνωση των μαθημάτων περιγράφεται αναλυτικά στον Κανονισμό Σπουδών του ΠΜΣ.