Στο πλαίσιο του Π.Μ.Σ., διοργανώνεται κάθε χρόνο στο εαρινό εξάμηνο το διεπιστημονικό σεμινάριο «Νίκος Οικονομίδης», σε συνεργασία με τον Τομέα Βυζαντινών Ερευνών του Ινστιτούτου Βυζαντινών Ερευνών του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών. Το σεμινάριο θεσπίστηκε το 1988 από τον αείμνηστο καθηγητή Βυζαντινής Ιστορίας Νίκο Οικονομίδη και εντάχθηκε στο παλαιό μεταπτυχιακό πρόγραμμα του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας από το ακαδημαϊκό έτος 1989-1990.
Στόχος του σεμιναρίου είναι η διεπιστημονική προσέγγιση ζητημάτων από τους κλάδους της Βυζαντινής Ιστορίας, Αρχαιολογίας και Ιστορίας της Τέχνης, και Φιλολογίας. Στις συναντήσεις συμμετέχουν εισηγητές από πανεπιστήμια και ερευνητικά ινστιτούτα της Ελλάδας και του εξωτερικού, στελέχη της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας και ανεξάρτητοι ερευνητές. Στο τέλος κάθε κύκλου, πραγματοποιείται ημερίδα στην οποία οι φοιτητές και οι φοιτήτριες παρουσιάζουν τις εργασίες που εκπόνησαν στο πλαίσιο του σεμιναρίου.