Η εκπαιδευτική διαδικασία διεξάγεται στο κτήριο της Φιλοσοφικής Σχολής του Ε.Κ.Π.Α., στην Πανεπιστημιούπολη στον Δήμο Ζωγράφου. Το Π.Μ.Σ. αξιοποιεί όλες τις υποδομές των χώρων που χρησιμοποιεί το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας. Το διεπιστημονικό σεμινάριο «Νίκος Οικονομίδης» διεξάγεται στο Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών, στο κτήριο επί της λεωφόρου Βασιλέως Κωνσταντίνου 48.