Η οργάνωση και λειτουργία του Προγράμματος διέπονται από κανονισμούς που απορρέουν από τη μακρά παράδοση του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας στις μεταπτυχιακές σπουδές, το ισχύον νομοθετικό πλαίσιο και τις σύγχρονες εκπαιδευτικές πρακτικές και ανάγκες. Το Π.Μ.Σ. στελεχώνεται από τους ιστορικούς και αρχαιολόγους της βυζαντινής περιόδου που υπηρετούν στο Τμήμα, χρησιμοποιεί τις υποδομές των εγκαταστάσεών του στη Φιλοσοφική Σχολή και υπόκειται σε ανεξάρτητες αξιολογήσεις.