Στο τελευταίο εξάμηνο της φοίτησής του, μετά την παρακολούθηση όλων των μαθημάτων του Προγράμματος Σπουδών και την επιτυχή εξέταση σε αυτά. ο φοιτητής/η φοιτήτρια εκπονεί Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία (Μ.Δ.Ε.), έκτασης 20.000-30.000 λέξεων, η οποία πρέπει να είναι ατομική, πρωτότυπη, να έχει ερευνητικό χαρακτήρα και να συντάσσεται σύμφωνα με τις οδηγίες συγγραφής του Κανονισμού Εργασιών του Τμήματος. Η γλώσσα συγγραφής της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας είναι η ελληνική.
Η Συντονιστική Επιτροπή του Π.Μ.Σ. ορίζει τον/την επιβλέποντα/ουσα της Μ.Δ.Ε. και συγκροτεί την τριμελή εξεταστική επιτροπή για την έγκρισή της. Όταν ο/η φοιτητής/ήτρια ολοκληρώσει τη διπλωματική εργασία του/της και τουλάχιστον δύο μήνες πριν από τη συμπλήρωση του χρόνου φοίτησής του/της, την καταθέτει στον/στην επιβλέποντa/ουσά του σε ηλεκτρονική ή/και έντυπη μορφή. Μετά την έγκριση εκ μέρους του/της η Μ.Δ.Ε. κατατίθεται και στα λοιπά δύο μέλη της επιτροπής. Για να εγκριθεί η εργασία ο/η φοιτητής/ήτρια οφείλει να την υποστηρίξει δημοσίως ενώπιον της τριμελούς εξεταστικής επιτροπής. Η βαθμολογία της Μ.Δ.Ε. προκύπτει από τον μέσο όρο των βαθμών των τριών βαθμολογητών. Σε περίπτωση απόκλισης των τριών βαθμών επιλαμβάνεται του θέματος η Σ.Ε.
Oι μέχρι σήμερα ολοκληρωθείσες Μ.Δ.Ε. του Προγράμματος αριθμούνται σε 48.